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DNA测序分析软件(Chromas) v2.6.5 官方版

Chromas软件免费下载

  • 软件大小:3.1MB
  • 软件授权:免费软件
  • 所属专题:
  • 应用平台:Win 32位/64位
  • 更新时间:2018-07-08
  • 软件语言:简体中文
  • 软件官网:暂无
  • 软件厂商:
  • 标签:生物学DNA
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软件介绍 软件截图 下载地址 相关文章 软件评论

Chromas是一款完全免费的DNA测序分析软件,主要用来查看和编辑DNA的峰形图,支持ab1、scf以及ztr格式的图谱文件,并支持自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列;以纯文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或​​GCG格式导出序列,或使用基本编号格式化以进行演示;将序列以纯文本,FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板,以粘贴到其他应用程序中;反转和补充序列和色谱图;通过精确匹配或最佳对齐搜索子序列等功能。

DNA测序分析软件(Chromas)

Chromas主要功能

1、从Applied Biosystems DNA测序仪打开.ab1色谱图文件。
2、打开由其他序列发生器创建或从数据库检索的SCF和ZTR格式色谱图文件。
3、保存为.scf或Applied Biosystems .ab1格式。
4、打印色谱图,其中包含缩放或适合一页的选项。
5、自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列。
6、以纯文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或​​GCG格式导出序列,或使用基本编号格式化以进行演示。
7、将序列以纯文本,FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板,以粘贴到其他应用程序中。
8、反转和补充序列和色谱图。
9、通过精确匹配或最佳对齐搜索子序列。
10、显示3帧中的翻译以及序列。
11、复制色谱图部分的图像以粘贴到文档或演示文稿中。
12、批处理,包括格式转换,带矢量删除的序列导出,批量打印和原始数据的批量导出。
13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP组件增强.ab1文件,以提高峰值可读性并提取更多高质量的基础。

Chromas使用方法

1、选择File菜单打开一个序列文件,或者直接通过Open打开。

DNA测序分析软件(Chromas)

2、一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右,由于荧光染料的干扰和机器性能,测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确,如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

DNA测序分析软件(Chromas)

3、我们通过工具栏的缩放工具,可以放大或者缩小整个视图:

DNA测序分析软件(Chromas)

通过上图可以看出,不同碱基对应不同的颜色。

4、通过工具栏的“Find'工具,可以查找某个序列:

DNA测序分析软件(Chromas)

5、通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库,将序列进行Blast,省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦:

DNA测序分析软件(Chromas)

点击OK之后出现如下界面,然后点击“View report”即可。

DNA测序分析软件(Chromas)

6、Chromas还自带序列翻译蛋白质功能,点击“Options->Show Translations->All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条,是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点,所以如果你的序列是cDNA序列,那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的,这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列,这个功能是多余的。

DNA测序分析软件(Chromas)

7、我们可以将序列导出,并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号,下面的设置中代表每60个碱基一行。

DNA测序分析软件(Chromas)

8、当然可能会有同学想说,如果我想把测序峰图放在文章中,我该怎么弄?Chromas没有存储为图片的选项,这时可能有同学就想用截图了,这里Chromas可以存储为PDF格式,在“File”里面选择Print 预览,然后选择PDF即可。

DNA测序分析软件(Chromas)

导出来之后就得到PDF格式的峰图了,这是矢量图,可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

DNA测序分析软件(Chromas)

软件截图

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